i3S – Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Associação

Research organisation

i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Associação

Activities

  • Innovation support bioecosystems
  • Licence
  • Living Labs
  • Solution

Description

Health Research in a single and solid institution could be a definition for i3S, but the Institute for Research and Innovation in Health is so much more. The will of three research institutes to build a better future gave rise to a new building housing a new institution driven to face and overcome the most relevant health challenges society faces today such as: aging, infectious diseases, cancer, regenerative medicine and neurodegenerative diseases.

Referent Contact

Hugo Prazeres

tech transfer
hprazeres@i3s.up.pt

i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Associação

Address

Rua Alfredo Allen, 208
4200-135 Porto, NUTSII, Portugal

Contact

info@i3s.up.pt

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Health Research in a single and solid institution could be a definition for i3S, but the Institute for Research and Innovation in Health is so much more. The will of three research institutes to build a better future gave rise to a new building housing a new institution driven to face and overcome the most relevant health challenges society faces today such as: aging, infectious diseases, cancer, regenerative medicine and neurodegenerative diseases.

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With the ultimate aim to create a European alliance for bioproduction in Europe, organisations have joined forces with COBIOE. Discover who are our associates.

Bio-resources and biobanking
  • Cells, tissues and humanized xeno-organs
  • Biosamples
  • Viral, phage or bacterial specimen
Identification of biotherapies
  • Target identification
  • Target validation
  • Screening
Drug design
  • Drug assessment
  • Drug engineering
  • In vitro preclinical studies
Clinical validation
  • Clinical trials
  • In vivo preclinical validation
  • Pre-industrial scale production
Production
  • Upstream processes
  • Downstream processes
  • Quality control
Market access
  • CE mark / market authorisation
  • Payment / Reimbursement
  • Care pathways

Partnership needs

  • Regulatory aspects
  • Business Development
  • Clinical expertise, clinical trials
  • Research & Development
  • Education & Training

TRL

Type of technology (OECD Definition)

  • Nanobiotechnology
  • Bioinformatics
  • Process biotechnology techniques
  • Cell and tissue culture and engineering

i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Associação last news

25/01/2024

Hero Xoom 160 ADV Scooter Showcased In India – Detailed Walkaround

When launched, Hero Xoom 160 ADV scooter will be India's first indigenous big-capacity scooter and it brings adventurous styling too The post Hero Xoom 160 ADV Scooter Showcased In India – Detailed Walkaround appeared first on RushLane .

25/01/2024

Utiliser des données au format "3D Tiles" dans ArcGIS Pro

ArcGIS prend en charge une grande variété de workflows autour de données 3D en offrant aux utilisateurs de créer un SIG 3D complet allant de la collecte à la diffusion en passant par le traitement et l'analyse. En incorporant les données 2D et 3D avec les mêmes applications, outils et interfaces, vous pouvez rassembler toutes les informations géospatiales sur votre territoire pour créer, visualiser et analyser des scènes 3D complexes, et établir le socle de vos jumeaux numériques.   Vous choisissez de constituer un SIG 3D pour atteindre différents objectifs comme la surveillance des équipements, la contextualisation de projets d'infrastructures ou de bâtiments, la planification urbaine, la meilleure compréhension de phénomènes naturels, ou encore l'analyse des risques. La visualisation 3D apparaît souvent comme la meilleure solution pour aider les utilisateurs qui ont besoin de comprendre et d'interpréter de grands volumes de données avec plus de rapidité et de précision, et dont la description en 3 dimensions est indispensable.  Exemple de scène 3D sur la ville d'Annecy contenant, notamment, un photomaillage 3D Un des types de données 3D de plus en plus souvent utilisé est le photomaillage 3D (3D Textured Meshes) qui représente, via un modèle triangulé et texturé par des photos aériennes, un maillage 3D et texturé de la réalité (à l'échelle d'un quartier, d'une ville ou d'un pays). Comparable à une orthophoto mais en 3D, un photomaillage 3D offrent ainsi une représentation directe du monde réel (en tout cas de sa surface visible) facilement compréhensible par des non-spécialistes des SIG. Vous pouvez créer des photomaillages 3D à partir de différentes applications telles que ArcGIS Reality Studio, l'extension ArcGIS Reality for ArcGIS Pro, ArcGIS Drone2Map, Site Scan for ArcGIS ou d'autres logiciels non-Esri. Pour permettre la diffusion et la visualisation de ces photomaillages 3D de manière efficace dans des applications de desktop, mobiles ou web, des standards de données 3D ouvertes ont été proposés et validés par l'OGC. En particulier, deux ont été développées : les couches de scène 3D (I3S) et les couches de tuiles 3D (3D Tiles). Certains utilisateurs ne travaillent pas uniquement avec l'un ou l'autre de ces standards et peuvent être amenés à mixer dans une même scène 3D, il est donc essentiel de garantir l'interopérabilité des deux formats de données leaders du marché au sein d'ArcGIS. On notera aussi que ces standards sont adaptés à la diffusion et à la visualisation des données 3D, notamment via le web, mais ne sont pas les formats utilisés dans le système de gestion et d'enregistrement de ces données 3D. Là aussi, il est nécessaire de disposer d'outils de conversion et d'intégration de ces formats "I3S" et "3D Tiles". Avec la dernière mise à jour d'ArcGIS Pro 3.2, vous pouvez désormais incorporer des couches de tuiles 3D à partir des jeux de données en "3D Tiles" version 1.x. Vos données peuvent provenir à la fois de sources locales et de services web publics. Cela élargit le type de sources de données que vous pouvez importer dans ArcGIS Pro et permet l'utilisation de tuiles 3D dans vos workflows 3D courants.  Dans la vidéo, je vous montre un exemple d'intégration de données 3D Tiles dans une scène ArcGIS Pro pour l'utiliser ensuite dans une analyse de visibilité. Pour aller un peu plus dans le détail, voici trois exemples de ce que vous pouvez désormais faire avec les couches de tuiles 3D à l'aide d'ArcGIS Pro 3.2 :  Visualiser les couches de tuiles 3D avec d'autres couches 2D ou 3D dans ArcGIS Pro Un workflow 3D typique est la création de jumeaux numériques. Pour adapter votre jumeau numérique à la tâche que vous souhaitez accomplir, il est essentiel de combiner différentes couches dans une seule scène.   Afficher ensemble des couches ayant différentes références spatiales Supposons que vous souhaitiez combiner votre couche de tuiles 3D représentant un photomaillage 3D avec vos données de services publics, comme les conduites d'eau d'une ville. Lorsque vous ajoutez plusieurs couches à une scène, vous devez vous assurer que les données s'alignent correctement. ArcGIS Pro vous permet de dessiner des données avec différentes références spatiales dans la même scène.   La spécification 3D Tiles définit les données dans le système de coordonnées géographiques (WGS 1984) et le système de coordonnées verticales comme système de coordonnées ellipsoïdales (EPSG 4978) WGS 1984. La plupart des données faisant autorité dans le SIG utilisent le système de coordonnées projetées officiel du pays et les hauteurs liées à la gravité si le système de coordonnées verticales n'est pas défini. Alors, qu'est-ce que cela signifie pour vous et vos données ?  Pour dessiner correctement vos couches, vous devez définir le système de coordonnées verticales dans les propriétés de la scène. Par exemple, dans une scène mondiale, vous pouvez choisir EGM96 ou EGM2008. Les deux sont des systèmes de coordonnées verticales liés à la gravité et s'aligneront sur des couches pour lesquelles aucun système de coordonnées verticales n'est défini. Vous pouvez installer des fichiers de système de coordonnées supplémentaires s'il vous manque des transformations vers la référence spatiale de la couche dans la scène.  En définissant le système de coordonnées verticales dans la scène, la couche de tuiles 3D est projetée dans un système de coordonnées verticales lié à la gravité et vous pouvez dessiner des tuiles 3D avec n'importe quel autre couche 3D, ce qui à son tour vous permettra de mesurer les valeurs x, y, z correctes. position avec la hauteur anticipée au-dessus du niveau de la mer dans la scène.  Par exemple, l'image ci-dessous montre une scène avec EGM2008 comme système de coordonnées verticales. L'entité ponctuelle 3D en rouge s'affiche à une hauteur de 297,5 m (environ 976,05 pieds). Ensemble de données de tuiles 3D dans une scène ArcGIS Pro avec le système de coordonnées verticales EGM2008.   Source : Geofly GmbH – Vexcel Osprey 4.1 – traité avec ArcGIS Reality par Esri. Copyright © 2023 Geofly GmbH / Esri. La même scène avec un système de coordonnées verticales ellipsoïdales WGS 1984 ne montre plus l'entité ponctuelle avec le photomaillage 3D car la position absolue du point reste 297,25 m (environ 975,23 pieds ), mais la scène est désormais dessinée à la hauteur ellipsoïdale de 345,65 m (environ 1134,02 pieds) .  Même scène ArcGIS Pro avec un jeu de données de tuiles 3D affichées dans le système de coordonnées verticales WGS1984. Source : Geofly GmbH – Vexcel Osprey 4.1 – traité avec ArcGIS Reality par Esri. Copyright © 2023 Geofly GmbH / Esri. Les références spatiales sont un concept fondamental dans les SIG et ArcGIS Pro vous permet de rassembler des données de différentes références spatiales. Vous pouvez en savoir plus sur les systèmes de coordonnées, les projections cartographiques et les transformations dans ArcGIS Pro ou apprendre à choisir la bonne projection .  Draper des couches 2D sur les couches de photomaillage 3D De nombreux types de données SIG sont capturés et conservés en 2D et utilisés comme couches dans les cartes ainsi que dans les scènes. Par exemple, une couche de rues d'une ville peut être utilisée dans de nombreuses cartes différentes et conservée en tant que couche d'entités linéaires sans coordonnées z. Vous pouvez la draper en définissant le mode d'élévation "au sol" afin que les rues soient dessinées au-dessus de la surface du sol. Si une couche de scène de photomaillage 3D ou une couche de tuiles 3D est présente, elle remplace alors le sol et les couches 2D seront drapés sur le photomaillage.  Parfois, il peut également être utile de recouvrir des couches qui se trouvent généralement sous le sol, comme le métro, pour voir quelle infrastructure traverse le système ferroviaire. Des voies ferrées souterraines et des arrêts ferroviaires à Munich drapés sur une couche de tuiles 3D. Capturé avec Leica CityMapper-2 – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Hexagone / Esri. Tous droits réservés. Le drapage de couches 2D vous permet non seulement de définir la position 3D des couches 2D, mais il vous permet également d'enrichir le photomaillage avec les informations dont vous disposez déjà. Par exemple, si vous disposez d'informations sur les inondations dans une ville, vous pouvez les placer sur la couche de photomaillage 3D et voir quel bâtiment serait impacté et quelle serait leur gravité .   Scène ArcGIS Pro d'Utrecht avec une couche montrant des bâtiments potentiellement impactés lors d'un événement de pluie centenaire drapé sur une couche de tuiles 3D. Capturé avec IGI Penta-DigiCAM – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Kavel 10/nFrames/Esri. Tous droits réservés. Modifier des entités basées sur des couches de tuiles 3D Le photomaillage 3D capturé dans une couche de tuiles 3D ou une couche de scène de photomaillage 3D peut être utilisé comme base pour éditer d'autres couches. Par exemple, si vous devez créer une couche avec tous les points de vue d'une ville parce que vous souhaitez capturer des emplacements importants pour la sécurité et la sûreté publique, vous pouvez créer une couche d'entités ponctuelles et modifier les points en les accrochant au photomaillage 3D pour obtenir une position 3D précise. Gardez à l'esprit, lorsque vous travaillez avec des couches de tuiles 3D, que le système de coordonnées verticales est en hauteurs ellipsoïdales et que vous devrez peut-être appliquer une transformation à votre scène afin de pouvoir travailler dans votre système de coordonnées officiel de votre pays ou vous assurer que vous utilisez des hauteurs liées à la gravité.  Créez de nouvelles fonctionnalités de mobilier urbain en vous accrochant aux sommets de l'objet 3D dans le photomaillage 3D. Capturé avec IGI Penta-DigiCAM – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Kavel 10/nFrames/Esri. Tous droits réservés. Analysez de manière interactive les scènes avec des couches de tuiles 3D En plus de rassembler de nombreuses informations géospatiales différentes en combinant différentes couches 3D dans une scène, vous pouvez également réaliser différents flux de travail d'analyse 3D .  Mesures Vous pouvez utiliser l'outil de mesure pour mesurer la hauteur d'un bâtiment, la distance entre deux objets dans le photomaillage 3D et bien plus encore. De plus, comme vous pouvez définir le système de coordonnées de la scène, les références spatiales correctes vous permettent de mesurer et d'interpréter les valeurs avec précision dans votre cadre de référence.  Mesure la taille d'une unité de climatisation sur un toit. Capturé avec IGI Penta-DigiCAM – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Kavel 10/nFrames/Esri. Tous droits réservés. Outils d'analyse exploratoire Les workflows d'analyse exploratoire dans ArcGIS Pro vous permettent d'étudier vos données de manière interactive. Des outils tels que le champ de vision et le dôme de vue vous donnent la possibilité d'effectuer une analyse de visibilité et de modifier les paramètres en temps réel.   Analyse interactive à l'aide d'un dôme visuel de 20 mètres de diamètre devant Domkerk à Utrecht, aux Pays-Bas. Capturé avec IGI Penta-DigiCAM – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Kavel 10/nFrames/Esri. Tous droits réservés. Outil d'analyse interactive du champ de vision montrant les zones visibles en vert et non visibles et rouges depuis le point de vue donné. Capturé avec IGI Penta-DigiCAM – traité avec SURE par nFrames/Esri. Copyright © 2021 Kavel 10/nFrames/Esri. Tous droits réservés. Les workflows d'analyse exploratoire ne se limitent pas à l'analyse de la visibilité. Vous pouvez également jeter un coup d'œil dynamique à l'intérieur ou parcourir le photomaillage 3D et les objets 3D. Par exemple, vous pouvez explorer dynamiquement les relations spatiales entre la surface terrestre et les infrastructures souterraines.   Conclusion Avec l'ajout de tuiles 3D au large portefeuille de couches 3D prises en charge dans ArcGIS Pro, vous disposez de davantage d'options pour réaliser les flux de travail 3D . ArcGIS Pro est le premier client ArcGIS à visualiser des jeux de données de tuiles 3D. Nous continuerons d'étendre la prise en charge des tuiles 3D dans ArcGIS, notamment le partage en tant que couche Web et l'hébergement de la couche de tuiles 3D dans ArcGIS Online et ArcGIS Enterprise, ainsi que la consommation dans d'autres clients ArcGIS tels que Scene Viewer et ArcGIS Earth . 

23/01/2024

INESC: Portuguese researchers lead EU project on the use of artificial intelligence for lung cancer diagnostics

Over the next three and a half years, the AI4Lungs project will develop AI tools and computational models to optimise patient categorisation, improving diagnoses and treatments. In this sense, the researchers will integrate medical data, images and innovative inputs from digital stethoscopes and promote two pilots; the one taking place in Portugal - more precisely at the Centro Hospitalar Vila Nova de Gaia/Espinho (CHVNGE) - will also feature the introduction of a diagnostic technique called liquid biopsy (developed by i3s - Institute for Research and Innovation in Health) as the first line of diagnosis. This is the first time that INESC TEC leads a large-scale European project (€6.9M) entirely focused on lung diseases.   The AI4Lungs project emerges as an innovative and crucial way to address the challenges associated with the proliferation of respiratory diseases, whether related to cancer or interstitial diseases and inflammatory conditions (viral and bacterial pneumonia, including COVID-19), facilitating the clinical processing of patients with any symptom of respiratory disease, reducing costs, and optimising the allocation of resources. Since it focuses on developing new AI tools, using different types of data collected in clinical practice, e.g., lung auscultation, X-ray, CT, clinical analysis, demographic and clinical data, the project will become vital to support physicians during the diagnosis and treatment processes, by trying to guide them in said processes - which can often be time consuming and require several exams. "This project focuses on the lung as a whole", explained Hélder Oliveira, professor at the Faculty of Sciences of the University of Porto and INESC TEC researcher leading the project, stressing that "the idea is that, from the moment a patient has an appointment, the system can support the entire stratification process and understand what the disease is - and if it is necessary to do more tests to diagnose it". In practical terms, the project operates according to two dimensions. On the one hand, by developing technologies to improve the devices that are used in diagnosis and, on the other, by integrating all the new tools in a single platform capable of monitoring the entire clinical decision, towards making the process faster and less exhaustive in terms of costs and complementary exams. "This platform, which we call digital-twin, will have access to data from the project's partner hospitals and replicate the entire clinical process, suggesting recommendations to healthcare professionals without intervening with normal clinical practice", mentioned Duarte Dias, INESC TEC researcher. According to him, the innovative aspect of the project stems from the aggregation of various technologies that until now were explored individually.   The project goes even further by using two technologies that have never been used in similar projects. One is digital auscultation - carried out by INESC TEC -, and the other is to introduce i3s liquid biopsy into these decision support systems. According to Hélder Oliveira, in cases of cancer, for example, "liquid biopsy is often used in more advanced cancers; we want to introduce it to understand the type of cancer, instead of opting for dozens of exams". "As the lung has different traits, sometimes professionals spend a lot of time making the diagnosis of a patient, with many tests that are not particularly necessary. With this project, we will try to overcome the use of unnecessary exams while reducing the time since the patient arrives at the appointment, until the moment we diagnose his/her disease", said Duarte Dias. Already accustomed to working with liquid biopsy, CHVNGE emerges as an extremely important partner, since it will allow to test the decision support platform - the same applies to Mor Research, Rabin Medical Center, in Israel. "There are several systems that support physicians at various levels; INESC TEC has been developing several technologies in this sense, particularly in terms of X-ray and lung CT", stated the researchers. What does not exist, they say, "is an approach where these systems are directed towards stratification as a whole, nor the integration of these various systems. This new contribution of the project, together with the whole concept of digital-twin, is the major innovative element, which we seek to advance". AI4Lungs is the first healthcare project led by INESC TEC, with a budget of €6.9M. The project features 17 other partners, two of them Portuguese: CHVNGE and I3s. AI4Lungs started on January 1, and will last 42 months. This article was first published on 19 January by INESC TEC.